元皇帝讳睿，字景文，宣帝曾孙，琅邪恭王觐之子也。咸宁二年生于洛阳，有神光之异，一室尽明，所藉藁如始刈。及长，白豪生于日角之左，隆准龙颜，目有精曜，顾眄炜如也。年十五，嗣位琅邪王。幼有令闻。及惠皇之际，王室多故，帝每恭俭退让，以免于祸。沈敏有度量，不显灼然之迹，故时人未之识焉。惟侍中嵇绍异之，谓人曰：“琅邪王毛骨非常，殆非人臣之相也。”元康二年，拜员外散骑常侍。累迁左将军，从讨成都王颖。荡阴之败也，叔父东安王繇为颖所害。帝惧祸及，将出奔。其夜月正明，而禁卫严警，帝无由得去，甚窘迫。有顷，云雾晦冥，雷雨暴至，徼者皆驰，因得潜出。颖先令诸关无得出贵人，帝既至河阳，为津吏所止。从者宋典后来，以策鞭帝马而笑曰：“舍长！官禁贵人，汝亦被拘邪！”吏乃听过。至洛阳，迎太妃俱归国。东海王越之收兵下邳也，假帝辅国将军。寻加平东将军、监徐州诸军事，镇下邳。俄迁安东将军、都督扬州诸军事。越西迎大驾，留帝居守。永嘉初，用王导计，始镇建鄴，以顾荣为军司马，贺循为参佐，王敦、王导、周顗、刁协并为腹心股肱，宾礼名贤，存问风俗，江东归心焉。属太妃薨于国，自表奔丧，葬毕，还镇，增封宣城郡二万户，加镇东大将军、开府仪同三司。受越命，讨征东将军周馥，走之。及怀帝蒙尘于平阳，司空荀籓等移檄天下，推帝为盟主。江州刺史华轶不从，使豫章内史周广、前江州刺史卫展讨禽之。愍帝即位，加左丞相。岁余，进位丞相、大都督中外诸军事。遣诸将分定江东，斩叛者孙弼于宣城，平杜弢于湘州，承制赦荆扬。及西都不守，帝出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，征天下之兵，克日进讨。于时有玉册见于临安，白玉麒麟神玺出于江宁，其文曰“长寿万年”，日有重晕，皆以为中兴之象焉。
建武元年春二月辛巳，平东将军宋哲至，宣愍帝诏曰：“遭运迍否，皇纲不振。朕以寡德，奉承洪绪，不能祈天永命，绍隆中兴，至使凶胡敢帅犬羊，逼迫京辇。朕今幽塞穷城，忧虑万端，恐一旦崩溃。卿指诏丞相，具宣朕意，使摄万机，时据旧都，修复陵庙，以雪大耻。”三月，帝素服出次，举哀三日。西阳王羕及群僚参佐、州征牧守等上尊号，帝不许。羕等以死固请，至于再三。帝慨然流涕曰：“孤，罪人也，惟有蹈节死义，以雪天下之耻，庶赎鈇钺之诛。吾本琅邪王，诸贤见逼不已！”乃呼私奴命驾，将反国。群臣乃不敢逼，请依魏晋故事为晋王，许之。辛卯，即王位，大赦，改元。其杀祖父母、父母，及刘聪、石勒，不从此令。诸参军拜奉车都尉，掾属驸马都尉。辟掾属百余人，时人谓之“百六掾”。乃备百官，立宗庙社稷于建康。时四方竞上符瑞，帝曰：“孤负四海之责，未能思愆，何徵祥之有？”丙辰，立世子绍为晋王太子。以抚军大将军、西阳王羕为太保，征南大将军、汉安侯王敦为大将军，右将军王导都督中外诸军事、骠骑将军，左长史刁协为尚书左仆射。封王子宣城公裒琅邪王。六月丙寅，司空、并州刺史、广武侯刘琨，幽州刺史、左贤王、渤海公段匹磾，领护乌丸校尉、镇北将军刘翰，单于、广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史、祝阿子劭续，青州刺史、广饶侯曹嶷，兗州刺史、定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容廆等一百八十人上书劝进，曰：
臣闻天生蒸民，树之以君，所以对越天地，司牧黎元。圣帝明王监其若此，知天地不可以乏飨，故屈其身以奉之；知蒸黎不可以无主，故不得已而临之。社稷时难，则戚籓定其倾；郊庙或替，则宗哲纂其祀。是以弘振遐风，式固万世，三五以降，靡不由之。伏惟高祖宣皇帝肇基景命，世祖武皇帝遂造区夏，三叶重光，四圣继轨，惠泽侔于有虞，卜世过于周氏。自元康以来，艰难繁兴，永嘉之际，氛厉弥昏，宸极失御，登遐丑裔，国家之危，有若缀旒。赖先后之德、宗庙之灵，皇帝嗣建，旧物克甄。诞授钦明，服膺聪哲，玉质幼彰，金声夙振。冢宰摄其纲，百辟辅其政，四海想中兴之美，群生怀来苏之望。不图天不悔祸，大灾荐臻，国未忘难，寇害寻兴。逆胡刘曜，纵逸西都，敢肆犬羊，陵虐天邑。臣奉表使还，乃承西朝以去年十一月不守，主上幽劫，复沈虏庭，神器流离，再辱荒逆。臣每览史籍，观之前载，厄运之极，古今未有。苟在食土之毛，含血之类，莫不叩心绝气，行号巷哭。况臣等荷宠三世，位厕鼎司，闻问震惶，精爽飞越，且惊且惋，五情无主，举哀朔垂，上下泣血。
臣闻昏明迭用，否泰相济，天命无改，历数有归。或多难以固邦国，或殷忧以启圣明。是以齐有无知之祸，而小白为五伯之长；晋有丽姬之难，而重耳以主诸侯之盟。社稷靡安，必将有以扶其危；黔首几绝，必将有以继其绪。伏惟陛下，玄德通于神明，圣姿合于两仪，应命世之期，绍千载之运。符瑞之表，天人有征；中兴之兆，图谶垂典。自京畿陨丧，九服崩离，天下嚣然，无所归怀，虽有夏之遘夷羿，宗姬之离犬戎，蔑以过之。陛下抚征江左，奄有旧吴，柔服以德，伐叛以刑，抗明威以摄不类，杖大顺以号宇内。纯化既敷，则率土宅心；义风既暢，则遐方企踵。百揆时叙于上，四门穆穆于下。昔少康之隆，夏训以为美谈；宣王中兴，周诗以为休咏。况茂勋格于皇天，清晖光于四海，苍生颙然，莫不欣戴，声教所加，愿为臣妾者哉！且宣皇之胤，惟有陛下，意兆攸归，曾无与二。天祚大晋，必将有主，主晋祀者，非陛下而谁！是以迩无异言，远无异望，讴歌者无不吟讽徽猷，狱讼者无不思于圣德。天地之际既交，华夷之情允洽。一角之兽，连理之木，以为休征者，盖有百数。冠带之伦，要荒之众，不谋同辞者，动以万计。是以臣等敢考天地之心，因函夏之趣，昧死上尊号。愿陛下存舜禹至公之情，狭由巢抗矫之节；以社稷为务，不以小行为先；以黔首为忧，不以克让为事；上尉宗庙乃顾之怀，下释普天倾首之勤。则所谓生繁华于枯荑，育丰肌于朽骨，神人获安，无不幸甚。
臣闻尊位不可久虚，万机不可久旷。虚之一日，则尊位以殆；旷之浃辰，则万机以乱。方今踵百王之季，当阳九之会，狡寇窥窬，伺国瑕隙，黎元波荡，无所系心，安可废而不恤哉？陛下虽欲逡巡，其若宗庙何？其若百姓何？昔者惠公虏秦，晋国震骇，吕去阝之谋，欲立子圉，外以绝敌人之志，内以固阖境之情。故曰“丧君有君，群臣辑睦，好我者劝，恶我者惧。”前事之不忘，后代之元龟也。陛下明并日月，无幽不烛，深谋远猷，出自胸怀。不胜犬马忧国之情，迟睹人神开泰之路，是以陈其乃诚，布之执事。臣等忝于方任，久在遐外，不得陪列阙庭，与睹盛礼，踊跃之怀，南望罔极。
帝优令答之。语在琨传。
石勒将石季龙围谯城，平西将军祖逖击走之。己巳，帝傅檄天下曰：“逆贼石勒，肆虐河朔，逋诛历载，游魂纵逸。复遣凶党石季龙犬羊之众，越河南渡，纵其鸩毒。平西将军祖逖帅众讨击，应时溃散。今遣车骑将军，琅邪王裒等九军，锐卒三万，水陆四道，迳造贼场，受逖节度。有能枭季龙首者。赏绢三千匹，金五十斤，封县侯，食邑二千户。又贼党能枭送季龙首，封赏亦同之。”七月，散骑侍郎硃嵩、尚书郎顾球卒，帝痛之，将为举哀。有司奏，旧尚书郎不在举哀之例。帝曰：“衰乱之弊，特相痛悼。”于是遂举哀，哭之甚恸。丁未，梁王悝薨。以太尉荀组为司徒。弛山泽之禁。八月甲午，封梁王世子翘为梁王。荆州刺史第五猗为贼帅杜曾所推，遂与曾同反。九月戊寅，王敦使武昌太守赵诱、襄阳太守硃轨、陵江将军黄峻讨猗，为其将杜曾所败，诱等皆死之。石勒害京兆太守华谞。梁州刺史周访讨杜曾，大破之。十月丁未，琅邪王裒薨。十一月甲子，封汝南王子弼为新蔡王。丁卯，以司空刘琨为太尉。置史官，立太学。是岁，扬州大旱。
太兴元年春正月戊申朔，临朝，悬而不乐。三月癸丑，愍帝崩问至，帝斩缞居庐。丙辰，百僚上尊号。令曰：“孤以不德，当厄运之极，臣节未立，匡救未举，夙夜所以忘寝食也。今宗庙废绝，亿兆无系，群官庶尹，咸勉之以大政，亦何敢辞，辄敬从所执。”是日，即皇帝位。诏曰：“昔我高祖宣皇帝，诞应期运，廓开王基。景、文皇帝，奕世重光，缉熙诸夏。爰暨世祖，应天顺时，受兹明命。功格天地，仁济宇宙。昊天不融，降此鞠凶，怀帝短世，越去王都。天祸荐臻，大行皇帝崩殂，社稷无奉。肆群后三司六事之人，畴咨庶尹，至于华戎，致葺大命于朕躬。予一人畏天之威，用弗敢违。遂登坛南狱，受终文祖，焚柴颁瑞，告类上帝。惟朕寡德，缵我洪绪，若涉大川，罔知攸济。惟尔股肱爪牙之佐，文武熊罴之臣，用能弼宁晋室，辅余一人。思与万国，共同休庆。”于是大赦，改元，文武增位二等。庚午，立王太子绍为皇太子。壬申，诏曰：“昔之为政者，动人以行不以言，应天以实不以文，故我清静而人自正。其次听言观行，明试以功。其有政绩可述，刑狱得中，人无怨讼，久而日新，及当官软弱，茹柔吐刚，行身秽浊，修饰时誉者，各以名闻。令在事之人，仰鉴前烈，同心戮力，深思所以宽众息役，惠益百姓，无废朕命。远近礼贽，一切断之。”夏四月丁丑朔，日有食之。加大将军王敦江州牧，进骠骑将军王导开府仪同三司。戊寅，初禁招魂葬。乙酉，西平地震。五月癸丑，使持节、侍中、都督、太尉、并州刺史、广武侯刘琨为段匹磾所害。六月，旱，帝亲雩。改丹阳内史为丹阳尹。甲申，以尚书左仆射刁协为尚书令，平南将军、曲陵公荀崧为尚书左仆射。庚寅，以荥阳太守李矩为都督司州诸军事、司州刺史。戊戌，封皇子晞为武陵王。初置谏鼓谤木。秋七月戊申，诏曰：“王室多故，奸凶肆暴，皇纲驰坠，颠覆大猷。朕以不德，统承洪绪，夙夜忧危，思改其弊。二千石令长当祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑。州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪，有而不知，当受暗塞之责。各明慎奉行。”刘聪死，其子粲嗣伪位。八月，冀、徐、青三州蝗。靳准弑刘粲，自号汉王。冬十月癸未，加广州刺史陶侃平南将军。刘曜僭即皇帝位于赤壁。十一月乙卯，日夜出，高三丈，中有赤青珥。新蔡王弼薨。加大将军王敦荆州牧。庚申，诏曰：“朕以寡德，纂承洪绪，上不能调和阴阳，下不能济育群生，灾异屡兴，咎徵仍见。壬子、乙卯，雷震暴雨，盖天灾谴戒，所以彰朕之不德也。群公卿士，其各上封事，具陈得失，无有所讳，将亲览焉。”新作听讼观。故归命侯孙皓子璠谋反，伏诛。十二月，刘聪故将王腾、马忠等诛靳准，送传国玺于刘曜。武昌地震。丁丑，封显义亭侯焕为琅邪王。己卯，琅邪王焕薨。癸巳，诏曰：“汉高经大梁，美无忌之贤；齐师入鲁，修柳下惠之墓。其吴之高德名贤或未旌录者，具条列以闻。”江东三郡饥，遣使振给之。彭城内史周抚杀沛国内史周默以反。
二年春正月丁卯，崇阳陵毁，帝素服哭三日；使冠军将军梁堪、守太常马龟等修复山陵。迎梓宫于平阳，不克而还。二月，太山太守徐龛斩周抚，传首京师。夏四月，龙骧将军陈川以浚仪叛。降于石勒。太山太守徐龛以郡叛，自号兗州刺史，寇济岱。秦州刺史陈安叛，降于刘曜。五月癸丑，太阳陵毁，帝素服哭三日。徐杨及江西诸郡蝗。吴郡大饥。平北将军祖逖及石勒将石季龙战于浚仪，王师败绩。壬戌，诏曰：“天下凋弊，加以灾荒，百姓困穷，国用并匮，吴郡饥人死者百数。天生蒸黎而树之以君，选建明哲以左右之，当深思以救其弊。昔吴起为楚悼王明法审令，捐不急之官，除废公族疏远，以附益将士，而国富兵强。况今日之弊，百姓凋困邪！且当去非急之务，非军事所须者皆省之。”甲子，梁州刺史访及杜曾战于武当，斩之，禽第五猗。六月丙子，加周访安南将军。罢御府及诸郡丞，置博士员五人。己亥，加太常贺循开府仪同三司。秋七月乙丑，太常贺循卒。八月，肃慎献楛矢石砮。徐龛寇东莞，遣太子左卫率羊鉴行征虏将军，统徐州刺史蔡豹讨之。冬十月，平北将军祖逖使督护陈超袭石勒将桃豹，超败，没于阵。十一月戊寅，石勒僭即王位，国号赵。十二月乙亥，大赦，诏百官各上封事，并省众役。鲜卑慕容廆袭辽东，东夷校尉、平州刺史崔毖奔高句骊。是岁，南阳王保称晋王于祁山。三吴大饥。
三年春正月丁酉朔，晋王保为刘曜所逼，迁于桑城。二月辛未，石勒将石季龙寇厌次，平北将军、冀州刺史邵续击之，续败，没于阵。三月，慕容廆奉送玉玺三纽。闰月，以尚书周顗为尚书仆射。夏四月壬辰，枉矢流于翼轸。五月丙寅，孝怀帝太子诠遇害于平阳，帝三日哭。庚寅，地震。是月，晋王保为其将张春所害。刘曜使陈安攻春，灭之，安因叛曜。石勒将徐龛帅众来降。六月，大水。丁酉，盗杀西中郎将、护羌校尉、凉州刺史、西平公张寔，寔弟茂嗣，领平西将军、凉州刺史。秋七月丁亥，诏曰：“先公武王、先考恭王临君琅邪四十余年，惠泽加于百姓，遗爱结于人情。朕应天符，创基江表，兆庶宅心，襁负子来。琅邪国人在此者近有千户，今立为怀德县，统丹阳郡。昔汉高祖以沛为汤沐邑，光武亦复南顿，优复之科一依汉氏故事。”祖逖部将卫策大破石勒别军于汴水。加逖为镇西将军。八月戊午，尊敬王后虞氏为敬皇后。辛酉，迁神主于太庙。辛未，梁州刺史、安南将军周访卒。皇太子释尊于太学。以湘州刺史甘卓为安南将军、梁州刺史。九月，徐龛又叛，降于石勒。冬十月丙辰，徐州刺史蔡豹以畏懦伏诛。王敦杀武陵内史向硕。
四年春二月，徐龛又帅众来降。鲜卑末波奉送皇帝信玺。庚戌，告于太庙，乃受之。癸亥，日斗。三月，置周易、仪礼、公羊博士。癸酉，以平东将军曹嶷为安东将军。夏四月辛亥，帝亲览庶狱。石勒攻厌次，陷之。抚军将军、幽州刺史段匹磾没于勒。五月，旱。庚申，诏曰：“昔汉二祖及魏武皆免良人，武帝时，凉州覆败，诸为奴婢亦皆复籍，此累代成规也。其免中州良人遭难为扬州诸郡僮客者，以备征役。”秋七月，大水。甲戌，以尚书戴若思为征西将军、都督司兗豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。壬千，以骠骑将军王导为司空。八月，常山崩。九月壬寅，镇西将军、豫州刺史祖逖卒。冬十月壬午，以逖弟侍中约为平西将军、豫州刺史。十二月，以慕容廆为持节、都督幽平二州东夷诸军事、平州牧，封辽东郡公。
永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大将军王敦举兵于武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，徵征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹阳诸郡皆加军号。加仆射周顗尚书左仆射，领军王邃尚书右仆射。以太子右卫率周筵行冠军将军，统兵三千讨沈充。甲午，封皇子昱为琅邪王。刘隗军于金城，右将军周札守石头，帝亲被甲徇六师于郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统以蹑敦后。四月，敦前锋攻石头，周札开城门应之，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江乘，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。”辛未，大赦。敦乃自为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，邑万户。丙子，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周顗为敦所害。敦将沈充陷吴国，魏乂陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王承并遇害。五月壬申，敦以太保、西阳王羕为太宰，加司空王导尚书令。乙亥，镇南大将军甘卓为襄阳太守周虑所害。蜀贼张龙寇巴东，建平太守柳纯击走之。石勒遣骑寇河南。六月，旱。秋七月，王敦自加兗州刺史郗鉴为安北将军。石勒将石季龙攻陷太山，执守将徐龛。兗州刺史郗鉴自邹山退守合肥。八月，敦以其见含为卫将军，自领宁、益二州都督。琅邪太守孙默叛，降于石勒。冬十月，大疫，死者十二三。己丑，都督荆梁二州诸军事、平南将军、荆州刺史、武陵侯王暠卒。辛卯，以下邳内史王邃为征北将军、都督青徐幽平四州诸军事，镇淮阴。新昌太守梁硕起兵反。京师大务，黑气蔽天，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，遂围谯，破祖约别军，约退据寿春。十一月，以司徒荀组为太尉。己酉，太尉荀组薨。罢司徒，并丞相。闰月己丑，帝崩于内殿，时年四十七，葬建平陵，庙号中宗。
帝性简俭冲素，容纳直言，虚己待物。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于此遂绝。有司尝奏太极殿广室施绛帐，帝曰：“汉文集上书皁囊为帷。”遂令冬施青布，夏施青綀帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许。所幸郑夫人衣无文彩。从母弟王暠为母立屋过制，流涕止之。然晋室遘纷，皇舆播越，天命未改，人谋叶赞。元戎屡动，不出江畿，经略区区，仅全吴楚。终于下陵上辱，忧愤告谢。恭俭之德虽充，雄武之量不足。始秦时望气者云“五百年后金陵有天子气”，故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑北山以绝其势。及孙权之称号。自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏四百三十七载，考其历数，犹为未及；元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人之应在于此矣。咸宁初，风吹太社树折，社中有青气，占者以为东莞有帝者之祥。由是徙封东莞王于琅邪，即武王也。及吴之亡，王濬实先至建鄴，而皓之降款，远归玺于琅邪。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣云：“五马浮渡江，一马化为龙。”及永嘉中，岁、镇、荧惑、太白聚斗、牛之间，识者以为吴越之地当兴王者。是岁，王室沦覆，帝与西阳、汝南、南顿、彭城五王获济，而帝竟登大位焉。初，玄石图有“牛继马后”，故宣帝深忌牛氏，遂为二榼，共一口，以贮酒焉，帝先饮佳者，而以毒酒鸩其将牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云。
史臣曰：晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹暢于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！
明皇帝讳绍，字道畿，元皇帝长子也。幼而聪哲，为元帝所宠异。年数岁，尝坐置膝前，属长安使来，因问帝曰：“汝谓日与长安孰远？”对曰：“长安近。不闻人从日边来，居然可知也。”元帝异之。明日，宴群僚，又问之。对曰：“日近。”元帝失色，曰：“何乃异间者之言乎？”对曰：“举目则见日，不见长安。”由是益奇之。
建兴初，拜东中郎将，镇广陵。元帝为晋王，立为晋王太子。及帝即尊号，立为皇太子。性至孝，有文武才略，钦贤爱客，雅好文辞。当时名臣，自王导、庚亮、温峤、桓彝、阮放等，咸见亲待。尝论圣人真假之意，导等不能屈。又习武艺，善抚将士。于时东朝济济，远近属心焉。及王敦之乱，六军败绩，帝欲帅将士决战，升车将出，中庶子温峤固谏，抽剑斩鞅，乃止。敦素以帝神武明略，朝野之所钦信，欲诬以不孝而废焉。大会百官而问温峤曰：“皇太子以何德称？”声色俱厉，必欲使有言。峤对曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可称为孝矣。”众皆以为信然，敦谋遂止。
永昌元年闰月己丑，元帝崩。庚寅，太子即皇帝位，大赦，尊所生荀氏为建安郡君。
太宁元年春正月癸巳，黄雾四塞，京师火。李雄使其将李骧、任回寇台登，将军司马玖死之。越巂太守李钊、汉嘉太守王载以郡叛，降于骧。二月，葬元帝于建平陵，帝徒跣至于陵所。以特进华恆为骠骑将军、都督石头水陆军事。乙丑，黄雾四塞。丙寅，陨霜。壬申，又陨霜，杀谷。三月戊寅朔，改元，临轩，停飨宴之礼，悬而不乐。丙戌，陨霜，杀草。饶安、东光、安陵三县灾，烧七千余家，死者万五千人。石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦退保盱眙。王敦献皇帝信玺一纽。敦将谋篡逆，讽朝廷徵己，帝乃手诏徵之。夏四月，敦下屯于湖，转司空王导为司徒，自领扬州牧。巴东监军柳纯为敦所害。以尚书陈为都督幽平二州诸军事、幽州刺史。五月，京师大水。李骧等寇宁州，刺史王逊遣将姚岳距战于堂狼，大破之。梁硕攻陷交州，刺史王谅死之。六月壬子，立皇后庾氏。平南将军陶侃遣参军高宝攻梁硕，斩之，传首京师。进侃位征南大将军、开府仪同三司。秋七月丙子朔，震太极殿柱。是月，刘曜攻陈安于陇城，灭之。八月，以安北将军郗鉴为尚书令。石勒将石季龙攻陷青州，刺史曹嶷遇害。冬十一月，王敦以其兄征南大将军含为征东大将军、都督扬州江西诸军事。以军事饥乏，调刺史以下米各有差。
二年春正月丁丑，帝临朝，停飨宴之礼，悬而不乐。庚辰，赦五岁刑以下。术人李脱造妖书惑众，斩于建康市。石勒将石季龙寇兗州，刺史刘遐自彭城退保泗口。三月，刘曜将康平寇魏兴，及南阳。夏五月，王敦矫诏拜其子应为武卫将军，兄含为骠骑大将军。帝所亲信常从督公乘雄、冉曾并为敦所害。六月，敦将举兵内向，帝密知之，乃乘巴滇骏马微行，至于湖，阴察敦营垒而出。有军士疑帝非常人。又敦正书寝，梦日环其城，惊起曰：“此必黄须鲜卑奴来也。”帝母荀氏，燕代人，帝状类外氏，须黄，敦故谓帝云。于是使五骑物色追帝。帝亦驰去，马有遗粪，辄以水灌之。见逆旅卖食妪，以七宝鞭与之，曰：“后有骑来，可以此示也。”俄而追者至，问妪。妪曰：“去巳远矣。”因以鞭示之。五骑传玩，稽留遂久，又见马粪冷，以为信远而止不追。帝仅而获免。丁卯，加司徒王导大都督、假节，领扬州刺史，以丹阳尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头，以光禄勋应詹为护军将军、假节、督硃雀桥南诸军事，以尚书令郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，以中书监庾亮领左卫将军，以尚书卞壸行中军将军。征平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兗州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还卫京师。帝次于中堂。秋七月壬申朔，敦遣其兄含及钱凤、周抚、邓岳等水陆五万，至于南岸。温峤移屯水北，烧硃雀桁，以挫其锋。帝躬率六军，出次南皇堂。至癸酉夜，募壮士，遣将军段秀、中军司马曹浑、左卫参军陈嵩、钟寅等甲卒千人渡水，掩其未备。平旦，战于越城，大破之，斩其前锋将何康。王敦愤惋而死。前宗正虞潭起义师于会稽。沈充帅万余人来会含等，庚辰，筑垒于陵口。丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人以至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。义兴人周蹇杀敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台于寿春。乙未，贼众济水，护军将军应詹帅建威将军赵胤等距战，不利。贼至宣阳门，北中郎将刘遐、苏峻等自南塘横击，大破之。刘遐又破沈充于青溪。丙申，贼烧营宵遁。丁西，帝还宫，大赦，惟敦党不原。于是分遣诸将追其党与，悉平之。封司徒王导为始兴郡公，邑三千户，赐绢九千匹；丹阳尹温峤建宁县公，尚书卞壸建兴县公，中书监庾亮永昌县公，北中郎将刘遐泉陵县公，奋武将军苏峻邵陵县公，邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴高平县侯，护军将军应詹观阳县侯，邑各千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤湘南县侯，右将军卞敦益阳县侯，邑各千六百户，绢各三千二百匹。其余封赏各有差。冬十月，以司徒王导为太保、领司徒，太宰、西阳王羕领太尉，应詹为平南将军、都督江州诸军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。诏王敦群从一无所问。是时，石勒将石生屯洛阳，豫州刺史祖约退保寿阳。十二月壬子，帝谒建平陵，从大祥之礼。梁水太守爨亮、盗窃州太守李逷以兴古叛，降于李雄。沈充故将顾飏反于武康，攻烧城邑，州县讨斩之。
三年春二月戊辰，复三族刑，惟不及妇人。三月，幽州刺史段末波卒，以弟牙嗣。戊辰，立皇子衍为皇太子，大赦，增文武位二等，大酺三日，赐鳏寡孤独帛，人二匹。癸巳，征处士临海任旭、会稽虞喜并为博士。夏四月，诏曰：“大事初定，其命惟新。其令太宰、司徒巳下，诣都坐参议政道，诸所因革，务尽事中。”又诏曰：“餐直言，引亮正，想群贤达吾此怀矣。予违汝弼，尧舜之相君臣也。吾虽虚暗，庶不距逆耳之谈。稷契之任，君居之矣。望共勖之。”己亥，雨雹。石勒将石良寇兗州，刺史檀赟力战，死之。将军李矩等并众溃而归，石勒尽陷司、兗、豫三州之地。五月，以征南大将军陶侃为征西大将军、都督荆湘雍梁四州诸军事、荆州刺史，王舒为安南将军、都督广州诸军事、广州刺史。六月，石勒将石季龙攻刘曜将刘岳于新安，陷之。以广州刺史王舒为都督湘州诸军事、湘州刺史，湘州刺史刘顗为平越中郎将、都督广州诸军事、广州刺史。大旱，自正月不雨，至于是月。秋七月辛未，以尚书令郗鉴为车骑将军、都督青兗二州诸军事、假节，镇广陵，领军将军卞壸为尚书令。诏曰：“三恪二王，世代之所重；兴灭继绝，政道之所先。又宗室哲王有功勋于大晋受命之际者，佐命功臣，硕德名贤，三祖所与共维大业，咸开国胙土、誓同山河者，而并废绝，禋祀不传，甚用怀伤。主者其祥议诸应立后者以闻。”又诏曰：“郊祀天地，帝王之重事。自中兴以来，惟南郊，未曾北郊，四时五郊之礼都不复设，五岳、四渎、名山、大川载在祀典应望秩者，悉废而未举。主者其依旧详处。”八月，诏曰：“昔周武克殷，封比干之墓；汉高过赵，录乐毅之后，追显既往，以劝将来也。吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”闰月，以尚书左仆射荀崧为光禄大夫、录尚书事，尚书邓攸为尚书左仆射。壬午，帝不豫，召太宰、西阳王羕，司徒王导，尚书令卞壸，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹阳尹温峤并受遗诏，辅太子。丁亥，诏曰：“自古有死，贤圣所同，寿夭穷达，归于一概，亦何足特痛哉！朕枕疾已久，常虑忽然。仰惟祖宗洪基，不能克终堂构，大耻未雪，百姓涂炭，所以有慨耳。不幸之日，敛以时服，一遵先度，务从简约，劳众崇饰，皆勿为也。衍以幼弱，猥当大重，当赖忠贤，训而成之。昔周公匡辅成王，霍氏拥育孝昭，义行前典，功冠二代，岂非宗臣之道乎？凡此公卿，时之望也。敬听顾命，任托付之重，同心断金，以谋王室。诸方岳征镇，刺史将守，皆朕扞城，推毂于外，虽事有内外，其致一也。故不有行者，谁扞牧圉？譬若脣齿，表里相资。宜戮力一心，若合符契，思美焉之美，以缉事为期。百辟卿士，其总己以听于冢宰，保祐冲幼，弘济艰难，永令祖宗之灵，宁于九天之上，则朕没于地下，无恨黄泉。”戊子，帝崩于东堂，年二十七，葬武平陵，庙号肃祖。
帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。
史臣曰：维扬作宇，凭带洪流，楚江恆战，方城对敌，不得不推诚将相，以总戎麾。楼船万计，兵倍王室，处其利而无心者，周公其人也。威权外假，嫌隙内兴，彼有顺流之师，此无强籓之援。商逢九乱，尧止八音，明皇负图，属在兹日。运龙韬于掌握，起天旆于江靡，燎其余烬，有若秋原。去缞绖而践戎场，斩鲸鲵而拜园阙。镇削威权，州分江汉，覆车不践。贻厥孙谋。其后七十余年，终罹敬道之害。或曰：“兴亡在运，非止上流。”岂创制不殊，而弘之者异也。
赞曰：倾天起害，猛兽呈灾。琅邪之子，仁义归来，龚行赵璧，命箠荆台。云瞻北晦，江望南开。晋阳御敌，河西全壤。胡寇虽艰，灵心弗爽。三方驰骛，百蛮从响。宝命还昌，金辉载明。明后岐嶷，军书接要。莽首晨悬，董脐昏燎。厥德不回，余风可劭。
元皇帝名睿，字景文，是宣帝司马懿之曾孙，琅王牙恭王司马觐之子。
咸宁二年(276)生于洛阳，生时有奇异的神光，照得满屋通明，所垫的稿荐像刚割下的禾草。长大以后，前额左边生有白毛，鼻梁很高，眉骨突起，目光有神，顾盼生光。十五岁时，嗣位为琅王牙王。少年即有好名声。惠帝在位期间，王室多事，元帝常常保持恭俭退让的态度，因而免于遭祸。平时沉着聪敏而有器量，不轻易显示自己的才华，所以还未被当时的人鉴识。只有侍中嵇绍认为他是奇才异人，曾对人说：“琅王牙王毛发骨相不同于常人，不是做人臣的人。”
元康二年(292)，拜为员外散骑常侍。升迁为左将军，参与讨伐成都王司马颖，荡阴之役王师失败，元帝的叔父东安王司马繇被司马颖杀害。元帝害怕灾祸临头，想出奔他地。当天夜里月光明亮，警戒严密，元帝无法脱身，处境窘迫。过了一会儿，黑云蔽空，雷雨大作，巡逻的人都松懈了，因而才能暗地逃出。此前司马颖下令各关口不让贵人通过，元帝到了河阳，被渡口上的官吏阻拦。侍从宋典从后面赶来，用鞭子把元帝的马打了一下笑着说：“舍长！官家禁止贵人通过，你也被拘留了么！”官吏这才让元帝过去了。到了洛阳，迎接太妃一同回到封国。东海王司马越在下邳收编军队准备西上时，给元帝加上辅国将军的称号。不久又加上平东将军、监徐州诸军事，镇守下邳。很快又迁为安东将军、都督扬州诸军事。司马越西上迎接皇帝，让元帝留守东方。
永嘉初年(307)，采用了王导的计谋，开始镇守建邺，以顾荣为军司马，贺循为参佐，王敦、王导、周岂页、刁协都是腹心股肱之臣，尊重名贤，察访民情，江东士人百姓都心悦诚服。遇太妃死于封国，上表奔丧，安葬完毕，回到建邺，增加宣城郡封地二万户，加镇东大将军、开府仪同三司职衔。受司马越的指使，讨伐征东将军周馥，把周馥赶走。怀帝被劫持到平阳时，司空荀藩等向天下发出檄文，推元帝为盟主。江州刺史华轶不服从，荀藩使豫章内史周广、前江州刺史卫展讨伐并俘获了他。愍帝即位后，加左丞相职。一年多后，进位为丞相、大都督中外诸军事。派遣诸将分别平定江东，在宣城斩了叛将孙弼，在湘州平定了杜..，按皇帝旨意在荆扬二州实行大赦。西都长安陷落时，元帝出师远征，亲披甲胄传檄四方，征召天下兵马，约期进军。这时在临安发现了玉册，在江宁发现一枚雕有麒麟的白玉神玺，印玺上刻有的文字是“长寿万年”，太阳出现两重光圈，大家都以为这是国家将要中兴的征兆。
元帝建武元年(317)春二月二十八日，平东将军宋哲到建康，宣读愍帝诏书说：“遭遇艰难的时运，皇家纲纪不振。朕因德望不厚，继承大业以后，不能使上天永保晋室，使王业中兴，以致凶暴的胡人敢于率犬羊之众，逼迫京师皇舆。朕今幽囚于边塞穷城，忧虑万端，命在旦夕。卿面见丞相，宣告朕意，使丞相总摄朝政，尽早克复旧都，修整宗庙陵墓，雪国家之大耻。”三月，元帝穿白衣到郊外举行三日哀悼。西阳王司马羕以及群僚参佐、州牧守将等请求元帝加上尊号，元帝不许。司马羕等誓死再三请求，元帝流着泪感叹道：“我是一个罪人啊！只有蹈节义而死，以雪天下之耻，或可赎失职的斧钺之罪。我本是琅王牙王，如诸位贤人逼迫不已！”于是随即呼唤私人奴仆安排车辆，准备返回封国。群臣这才不敢再强逼，又请按魏晋的前例，尊元帝为晋王，元帝答应了。初九，即王位，实行大赦，改年号为建武。那些杀祖父母、父母的人，以及刘聪、石勒不在大赦之列。原来帐下的参军拜为奉车都尉，掾属拜为驸马都尉，提拔掾属百余人，当时人们称之为“百六掾”。于是设置百官，在建康建立宗庙和社稷。当时各地竞相献吉祥之物，报吉祥之兆，元帝说：“我肩负四海重任，未能自责思过，有什么吉祥征兆可言。”四月初四，立世子司马绍为晋王太子。以抚军大将军、西阳王司马..为太保，征南大将军、汉安侯王敦为大将军，右将军王导为都督中外诸军事、骠骑将军，左长史刁协为尚书左仆射。封儿子宣城公司马裒为琅王牙王。六月十五日，司空、并州刺史、广武侯刘琨，幽州刺史、左贤王、渤海公段匹石单，领护乌丸校尉、镇北将军刘翰，单于、广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史、祝阿子邵续，青州刺史、广饶侯曹嶷，兖州刺史、定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容磒等一百八十人上书劝元帝即皇帝位(书文略)。元帝下书答复诸将，鼓励安慰他们，文在《刘琨传》。石勒部将石季龙围攻谯城，被平西将军祖逖击退。十八日，元帝向天下传递檄文说：“逆贼石勒，在河朔一带大肆掳掠，经历年讨伐，已惊魂不定，窜逸远方。然又遣其凶党石季龙率犬羊之众，渡河南犯，肆意毒害百姓。平西将军祖逖率众讨伐，立即溃散。今派遣车骑将军、琅王牙王司马裒等九军，精锐之卒三万，水陆四路并进，直捣贼穴，受祖逖节度。有能斩石季龙之首者，赏绢三千匹，金五十斤，封县侯，食邑二千户。贼党如能斩石季龙首送来，封赏同前面一样。”七月，散骑侍郎朱嵩、尚书郎顾球死，元帝很悲痛，打算为他们举行哀悼仪式，有司奏请说，按旧制尚书郎不在举哀的范围。元帝说：“国家衰乱造成社会风气不良，要特地为他们哀悼。”于是为他们举行哀悼仪式，元帝哭得很悲痛。
二十七日，梁王司马悝死。以太尉荀组为司徒。放松了百姓进入山林湖泽进行渔猎的禁令。八月十五日，封梁王的世子司马翘为梁王。荆州刺史第五猗为贼军首领杜曾所推举，于是与杜曾一起反叛。九月二十九日，王敦使武昌太守赵诱、襄阳太守朱轨、陵江将军黄峻讨伐第五猗，被第五猗的部将杜曾打败，赵诱等人都战死。石勒杀害京兆太守华讠胥。梁州刺史周访讨伐并大破杜曾。十月二十九日，琅王牙王司马裒死。十一月十六日，封汝南王之子司马弼为新蔡王。十九日，以司空刘琨为太尉。朝中设置史官，建立太学。这年扬州大旱。
大兴元年(318)正月初一，临朝会见群臣，悬挂乐器而不演奏。三月初七，愍帝死的消息传来，元帝穿孝服居庐舍守丧。初十，群臣请求加皇帝尊号。元帝下令说：“我因没有高德，正逢国家危难达到极点，未为国家尽为臣之节，没有匡救国家的举动，这就是我日夜不安废寝忘食的原因。当今宗庙废绝，亿万人民无所依托，百官臣僚都勉励我担负国家政治重任，我不敢推辞，这就听从大家的意见。”当天即皇帝位。下诏说：“昔日我高祖宣皇帝顺应天命，开辟皇家基业，景皇帝、文皇帝累世光大祖业，和谐华夏。到了世祖，应天顺时，受禅即位，功劳齐于天地，仁德广济宇宙。然而老天不明，降下灾祸，怀帝远离故都，早死于异域。天祸又降，大行皇帝去世，社稷无人供奉。群后三司六事之人，咨询于官吏百姓，华夏戎狄，一致归大命于朕身。我一人畏天之威，因而不敢有违。遂登坛南面，受命继先帝之业，焚柴祭天，颁布瑞历。只是朕德望微薄，继承此大业，如面对渺茫大江，不知如何渡过。只有你们这些股肱爪牙之士，文武熊罴之臣，方能帮助安定晋室，辅佐我一人。希望与万国共同享受太平盛世。”于是实行大赦，改年号，文武官员增爵位二等。
二十四日，立王太子司马绍为皇太子。二十六日，下诏说：“昔日之为政者，以行动而不是以言辞感召人，以事实而不是以文采顺应天命。所以我清静寡欲而人自正其身。其次听其言而观其行，以办事功效考核一个人的优劣。那些政绩显著，刑狱公正，百姓无怨恨攻诘之言，在位虽久而勤谨如初的人，以及那些当官软弱，欺软怕硬，行为污浊，弄虚作假以博得时誉的人，各公布他们的名字，使在职官吏，仰鉴前代楷模，齐心协力，牢记为政要宽缓，减轻徭役，使百姓得到实惠，不要废弃朕的诏命。断绝一切送礼的行为。”夏四月初一，日蚀。给大将军王敦加上江州牧的官职。骠骑将军王导进为开府仪同三司。初二，开始禁止招魂葬。初九，西平地震。五月初八，使持节、侍中、都督、太尉、并州刺史、广武侯刘琨被段匹石单杀害。六月，天旱，元帝亲自祭祀求雨。改丹杨内史为丹杨尹。初九，以尚书左仆射刁协为尚书令，平南将军、曲陵公荀崧为尚书左仆射。十五日，以荥阳太守李矩为都督司州诸军事、司州刺史。二十三日，封皇子司马晞为武陵王。
开始设置谏鼓和谤木。
秋七月初四，下诏说：“王室灾祸频繁，奸凶肆意暴虐，纲纪毁废，大道不行，朕以薄德之人，继承大业，日夜忧惧，欲革除其弊。郡守县令等地方官员，应奉行旧制，正身洁己，严明执法，抑制豪强，爱恤孤独，核实户口，劝勉督促农桑之事。州牧刺史应当互相检查，不得顾私损公，郡县长吏中有一心为公而不被提拔重用者，有为官贪婪行为污秽却因有财势安然无事者，如不推荐举报，则应受故意放纵恶人和掩蔽善人之罪，有上述情况而不知道，则应负昏暗不明之责。各官须明确审慎奉行此诏令。”刘聪死，其子刘粲继伪皇帝位。八月，冀、徐、青三州发生蝗灾。靳准杀刘粲，自称汉王。冬十月初十，广州刺史陶侃加平南将军衔。刘曜在赤壁僭即皇帝位。十一月十三日，夜间日出，离地面三丈，日中有赤青色光晕。新蔡王司马弼死。大将军王敦加荆州牧的职务。十八日，下诏说：“朕以薄德之人，继承天下大业，上不能调和阴阳气候，下不能养育百姓，灾异现象频繁发生，不祥之兆多次出现。本月初十、十三，发生雷震和暴雨，这大概是上天以灾异进行谴责，用来显示朕的无德。群公卿士，可各自秘密奏事，详细陈述政事得失，不要有所避讳，我将亲自阅读。”新建了听讼观。故归命侯孙皓之子孙璠谋反，被处死。
十二月，刘聪故将王腾、马忠等杀靳准，将传国玺送给刘曜。武昌地震。初五，封显义亭侯司马焕为琅王牙王。初七，琅笽王司马焕死。二十一日，下诏说：“汉高祖经过大梁，赞扬信陵君之贤；齐军进入鲁国，修柳下惠之墓。吴地那些高德之士著名贤者有未被表彰录用者，都列出名单上报。”江东三郡发生饥荒，派遣使者救济灾民。彭城内史周抚杀了沛国内史周默造**。二年春正月二十六日，崇阳陵崩塌，元帝穿白服哭了三天，使冠军将军梁堪、守太常马龟等修复陵墓。派人到平阳迎接怀愍二帝的灵柩，受阻而还。二月，太山太守徐龛斩叛臣周抚，首级传到京师。夏四月，龙骧将军陈川占据浚仪反叛，投降石勒。太山太守徐龛据本郡反叛，自称兖州刺史，侵扰济岱。秦州刺史陈安反叛，投降刘曜。五月十三日，太阳陵崩毁，元帝穿白服哭三日。徐杨及江西诸郡发生蝗灾。吴郡发生大饥荒。平北将军祖逖在浚仪与石勒部将石季龙交战，祖逖大败。二十二日，下诏说：“天下衰敝，灾荒又生，百姓贫困，国用匮乏，吴郡饥民饿死者以百数。天生黎民又为他们设置君长，选拔明哲之人为左右辅臣，应当深思以救百姓之急。昔日吴起为楚悼王审订法令，减裁不急需的官吏，废除疏远的公族，以增加将士的待遇，因而国富兵强。何况国家有今日之衰敝，百姓又是如此贫困呢！应当舍弃非急需的事务，不是军队所需要者都省去。”二十三日，梁州刺史周访在武当与杜曾交战，杀了杜曾，活捉第五猗。六月初七，周访加安南将军职衔，撤销御府及诸郡丞，设置博士员五人。二十八日，加给太常贺循开府仪同三司的头衔。
秋七月二十六日，太赏贺循死。八月，肃慎国来献木苦矢石弩。徐龛掳掠东莞，元帝派遣太子左卫率羊鉴兼征虏将军，统领徐州刺史蔡豹讨伐徐龛。冬十月，平北将军祖逖使督护陈超袭击石勒部将桃豹，陈超兵败，死在战场。十一月戊寅，石勒僭号称王，国号赵。十二月初九，实行大赦，下诏让百官各秘密奏事，免去百姓各种徭役。鲜卑慕容磒袭击辽东，东夷校尉、平州刺史崔毖投奔高句骊。这一年，南阳王司马保在祁山称晋王。三吴发生大饥荒。三年春正月初一，晋王司马保为刘曜逼迫迁到桑城。二月初六，石勒部将石季龙侵扰冒犬次，平北将军、冀州刺史邵续攻击石季龙，被石季龙打败，死于战场。三月慕容磒送来玉玺三枚。闰月，以尚书周岂页为尚书仆射。夏四月壬辰，枉矢星从翼轸星间流过。五月初三孝怀帝太子司马诠在平阳被害，元帝哭吊三日。二十七日，地震。这个月，晋王司马保被其部将张春杀害。刘曜使陈安攻击张春，并把张春消灭，陈安却乘机背叛刘曜。石勒部将徐龛率众来投降。六月，发大水。初四，西中郎将、护羌校尉、凉州刺史、平西公张实被盗贼杀害，张实之弟张茂嗣位，任平西将军、凉州刺史。秋七月二十四日，元帝下诏说：“先公武王，先父恭王在琅王牙为君四十多年，恩惠加于百姓，仁爱之德存于人心。朕应天命，创业于江南，万民归心，扶老携幼而来。琅王牙国人在江南者近千户，现将这些人集聚的地方设立一个怀德县，属丹阳郡。昔日汉高祖以故乡沛为汤沐邑，光武帝也免除南顿的赋税徭役，对怀德县的优待豁免办法按照汉朝的例子。”祖逖部将卫策在汴水大破石勒别军，祖逖加镇西将军衔。八月二十六日，敬王后虞氏被尊为敬皇后。二十九日，将神主迁入太庙。
辛未，梁州刺史、安南将军周访死。皇太子在太学祭奠先师孔子。以湘州刺史甘卓为安南将军、梁州刺史。九月，徐龛又叛变，投降石勒。冬十月二十五日，徐州刺史蔡豹因畏缩不前被处死。王敦杀了武陵内史向硕。四年春二月，徐龛又率众来投降。鲜卑末波奉送皇帝信玺。二十一日，在太庙告祭先帝，接受印玺。癸亥，两日相斗。三月，设置《周易》、《仪礼》、《公羊》博士。十四日，以平东将军曹嶷为安东将军。夏四月二十三日，元帝亲自查阅百姓狱讼。石勒进攻并占据冒犬次。抚军将军、幽州刺史段匹石单，死于石勒军中。五月，天旱。初二，下诏说：“昔日汉高祖、光武帝和魏武帝都曾免除良人为奴婢者，我朝武帝时，占据凉州的异族统治者败亡，那些作奴婢的人也都恢复原籍，可见这是历代的成规。现在有中州平民因遭难在扬州诸郡做僮客者，可恢复其平民身份，以备国家征战徭役之用。”秋七月，发大水。十七日，以尚书戴若思为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇守合肥；丹杨尹刘隗为镇北将军、都督青、徐、幽、平四州诸军事、青州刺史，镇守淮阴。二十五日，以骠骑将军王导为司空。
八月，常山崩塌。九月壬寅，镇西将军、豫州刺史祖逖死。冬十月壬午，以祖逖之弟侍中祖约为平西将军、豫州刺史。十二月，以慕容磒为持节、都督幽平二州东夷诸军事、平州牧，封辽东郡公。
永昌元年(322)春正月初一，大赦，改年号。十四日，大将军王敦以诛刘隗为名在武昌举兵，龙骧将军沈充率兵响应王敦。三月，召征西将军戴若思、镇北将军刘隗回京师护卫。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹杨诸郡郡守都加军衔。尚书周岂页加尚书左仆射，领军王邃加尚书右仆射。以太子右卫率周艹延执行冠军将军事，率兵三千讨伐沈充。甲午，封皇子司马昱为琅王牙王。刘隗驻军于金城，右将军周札守石头城，元帝亲自披甲在郊外巡视六军。派遣平南将军陶侃兼管江州，安南将军甘卓兼管荆州，各率所属军队从后面牵制王敦。四月，王敦前锋进石头城，周札开城门接应王敦军，奋威将军侯礼战死。王敦占据石头城，戴若思、刘隗率军攻石头城，王导、周岂页、郭逸、虞潭等三路出击，王师大败。尚书令刁协逃到江乘，被贼军杀害。镇北将军刘隗投奔石勒。元帝派遣使者对王敦说：“公若还不忘晋朝，从此息兵，我们可以共同安定天下。如不能这样，朕将回到原来的封地琅王牙，以为贤者让路。”辛未，实行大赦。王敦自己任命自己为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，食邑万户。丙子，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周岂页被王敦杀害。王敦将领沈充攻陷吴国，魏磖攻陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王司马承一起被杀。五月二十日，王敦以太保、西阳王司马..为太宰，司空王导加尚书令职。二十三日，镇南大将军甘卓被襄阳太守周虑杀害。蜀地贼寇张龙侵扰巴东，建平太守柳纯将他赶走。石勒派遣骑兵侵扰河南。六月，天旱。
秋七月，王敦给兖州刺史郗鉴加上安北将军职衔。石勒部将石季龙攻陷太山，捉住守将徐龛。兖州刺史郗鉴从邹山退到合肥镇守。八月，王敦以其兄王含为卫将军，自己领宁、益二州都督。琅王牙太守孙默反叛，投降石勒。冬十月，发生大瘟疫，病死者十之二三。初九，都督荆梁二州诸军事、平南将军、荆州刺史、武陵侯王訥死。十一日，以下邳内史王邃为征北将军、都督青、徐、幽、平四州诸军事，镇守淮阴。新昌太守梁硕起兵反叛。京师发生大雾，黑气蔽天，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，进而包围谯，击破祖约别军，祖约退守寿春。十一月，以司徒荀组为太尉。己酉，太尉荀组死。撤销司徒，其职司合并于丞相。闰月初十，元帝在内殿去世，终年四十七岁，葬于建平陵，庙号中宗。元帝性格简朴俭省而恬淡，能容纳直言，虚心待人。开始镇守江东时，常因饮酒而荒废政事，王导殷切劝戒，元帝让王导斟了一杯酒，然后拿起杯子将酒倒掉，从此以后不再饮酒。有司奏请太极殿广室挂上绛帐，元帝说：“汉文帝把群臣上书的黑色书袋收集起来做帷帐。”于是令冬天用青布，夏天用青纱布做帷帐。宫中将封贵人，有司请买雀钗为贵人作头饰，元帝以为费用高而不许。所宠爱的郑夫人衣著朴素无文采。元帝姨母的弟弟王訥为母亲建屋过于奢华，元帝流着泪劝阻了他。然而晋室遭乱，皇帝流亡，天命仍在晋室，谋臣和谐。王师屡次出动，总打不出长江流域，治理区域狭小，仅能保全吴楚。终于使权臣犯上，身受其辱，忧愤而死。谦恭节俭之德有余，而雄武之才不足。秦始皇时有个望气者说：“五百年后金陵有天子气。”所以秦始皇就东游以压倒这天子气，并把金陵改为秣陵，挖断金陵北山以绝其地气。孙权称帝时，自认为是应了秦时预言，孙盛认为从秦始皇到孙权才四百三十七年，未到五百年之数，到元帝渡江，是五百二十六年，天子之气应在此了。
咸宁初年(275)，太社树被风吹断，社中冒出青气，占卜者认为东莞有帝王之吉兆，于是将东莞王徙封为琅王牙王，这就是元帝的祖父琅王牙武王司马亻由。灭吴之战，实是王浚先到建邺，而孙皓投降时，却把玉玺送给离建邺尚远的司马亻由军营。天意和人事，都符合中兴的吉兆。
惠帝太安年间(302～303)，有童谣说：“五马浮渡江，一马化为龙。”怀帝永嘉年间(307～313)，岁、镇、荧惑、太白等星聚于斗、牛二星之间，识星象的人认为吴越之地当有王者兴起。这一年，中原王室倾覆，元帝与西阳王、汝南王、南顿王、彭城王南下渡江，而元帝终于即皇帝位。当初，《玄石图》上有“牛继马后”的话，所以宣帝司马懿深刻忌讳牛氏，于是做了个能装两种酒只有一个口的酒器，自己先饮好酒，而将毒酒斟给其大将牛金，将他毒死。而琅王牙恭王司马觐的妃子夏侯氏竟与一个姓牛的小吏私通而生了元帝，有人说这就是“牛继马后”的符应。
史臣曰：以维扬之地为疆域，以长江洪流为依凭，楚江流域常有战祸，方城常作战场，不得不诚心信用将相，以统领军队。拥有上万的战船，兵力成倍于王室，处在这样的地位而没有篡国之心的，就是周公那样的人。国家的威权被外人藉用，仇隙在内部兴起，那边有乘势而来的军队，这边没有强大的封国作后援。商遭遇九乱，尧制止八音，明皇受命的祥瑞，就出现在此日。运转大略于手掌之中，在江畔竖起顺天应命的大旗，余灰复燃，威势就如同火烧秋后的草原。除去丧服踏上战场，斩杀凶恶之人，而祭告先帝。削弱威权强盛的大臣，把江、漠等地州郡分小，吸取前人的教训，其谋划可保子孙安宁。在他之后七十多年，终于被桓敬道所减。有人说“兴亡在于命运，不仅仅靠有权势”，可以说创立基业都一样，而继承光大者有所不同。
赞曰：像天塌下来一样灾害兴起，猛兽呈现祸殃。琅邪之子，有仁有义。行事恭谨如赵璧，定刑法于荆台。乌云遮蔽北方昏黑，长江望南天开云霁。在晋阳抵御敌人，在河西保全国土。胡寇虽然猖獗，圣心不为之差失。三方奔驰来归，百蛮响应。天命重新昌盛，太阳的光辉更加明亮。明皇帝年幼聪慧，把军事文书处理得有条不紊。早晨悬挂起王莽的脑袋，晚上用董卓的肚脐燃灯。他的功德不能重现，风范却可以勉励后人。
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