1627年，德皇再次下令，以天主教为捷克唯一合法的宗教，市民必须在六个月内公开信奉天主教，否则要被流放国外。因此，1628年2月，夸美纽斯同三万多户“兄弟会”家庭告别祖国，迁往波兰黎撒避难。在离别祖国之际，夸美纽斯的心情极其沉痛，想到多灾多难的祖国在异族的统治下痛苦地呻吟，可她的子孙们为了生存和图强却要离开她……，此时此刻，他怎么也压抑不住对祖国的炽热感情，他愤然爬上高山，面对可爱的祖国，双膝跪倒，泪如雨下，用赤子的热泪滋润着母亲的心田：“祖国啊——母亲，再见吧!”
随后的13年，夸美纽斯栖身于波兰，这段相对平静的日子帮助夸美纽斯完成了几部影响时代的巨着：《语言学入门》、《大教学论》、《母育学校》、《物理学概论》都完成于这个时期。其中《大教学论》一书奠定了夸美纽斯教育思想的基础。
1641年，夸美纽斯应邀赴英国建立一所泛智学院，但因英国国内战争爆发而未能实现。1650年，他又应邀去匈牙利担任常年教育顾问，办起了一所泛智学校。1654年，夸美纽斯再次回到黎撒，继续从事泛智教育研究。就在此时，三十年战争波及到波兰，波兰当政者怀疑捷克“兄弟会”支持瑞典人，遂将黎撒城付之一炬，捷克“克弟会”失去了最后的主要避难所。夸美纽斯的住宅、图书馆和他准备了40年之久的《捷克语宝库》手稿毁于一旦。
也许由于首次驻留阿姆斯特丹有良好印象的原因，那里商业的繁荣冲淡了战争的阴霾，让流浪者找到一个宁静而无偏见的栖息之所。晚年的夸美纽斯决定定居于此。1670年11月15日，颠沛流离一生的夸美纽斯带着对祖国的眷恋之情在阿姆斯特丹逝世，终年79岁，遗体葬于阿姆斯特丹附近的拉尔登。
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