康熙皇帝急于与俄罗斯签订和平条约，以便腾出手来对付蒙古准噶尔部落首领噶尔丹发动的叛乱。
早在元朝灭亡后，成吉思汗的后人就回到大漠的北部和南部，逐步走出了北蒙古、南蒙古和西蒙古三个地区。这些蒙古部落互相攻击，经常向南骚扰内地。后来，努尔哈赤和黄太极通过远征、联姻、结盟等手段征服了蒙南蒙古。清代设立蒙古衙门(后改为李范元)管理蒙古各部，将蒙古南部划分为六盟、二十四盟、四十九旗。这样，蒙古南部的每一个地区都成为清朝统治者最可靠的盟友。摩拜蒙古又称喀尔喀蒙古。蒙南之后，又与清朝建立了朝贡关系。每年为清朝献上一匹白骆驼和八匹白马，被称为“九白贡”。
清朝进驻后，仅靠几十万满族人是无法维持整个中国的统治的。为了弥补电力短缺，多贡、顺治、康熙都把蒙古国联合部委作为一项重要的国家政策。
但此时，仍有生活在阿尔泰西部的摩西蒙古族拒绝合作。莫西蒙古又称伊努特蒙古，分为四个部分：杜尔伯特、图尔胡特、合舒特和准噶尔。其中，准噶尔最为强大。它吞并了和硕特人和杜尔伯特人，把吐鲁特人推到俄罗斯伏尔加河流域，把和硕特人赶往青海和西藏。
准噶尔军在控制了阿尔泰山周边地区后，继续向东进军，占领了漠北广大地区。由于无法阻止准噶尔骑兵的进攻，喀尔喀全境不得不冲向沙漠的南部，请求康熙皇帝保护他们。康熙皇帝把科尔沁草原借给喀尔喀各地的牧民，帮助他们饲养大量牲畜、茶叶和布料。他还派人劝准噶尔领导人噶尔丹返回阿尔泰山区，回到家乡。加丹认为他的军队很强大。他不仅无视康熙皇帝的命令，还带领10万名士兵来到蒙古南部的乌珠穆沁草原与康熙皇帝竞争。
康熙皇帝看到噶尔丹如此猖獗，威胁到了大陆的安全。康熙二十九年(公元1690年)，秋高气爽，草肥马壮，他下令征伐。他亲自率部驻守在长城门外，并任命大哥虞亲王为将军。他在离北京仅700里的乌兰布通与准噶尔士兵作战。
噶尔丹没有正式与清军作战，也不知道战斗的深度。他依山而建“骆驼城”，把一万只骆驼捆起来，让它们躺在地上，在骆驼背上堆起箱子，用湿漉漉的毛毡盖住，然后让主力部队躲进“骆驼城”，从箱堆之间的缝隙里放上枪箭。在对岸，清军组成秘密编队，首先用大炮轰击“骆驼城”，打死许多骆驼和骑兵。然后步兵冲过去打败了准噶尔军队。噶尔丹知道自己不能打败清军，当晚就把军队撤到更高的地方。第二天早上，他带着军队把西藏喇嘛送到清朝寻求和平。
清朝将军派人向康熙皇帝汇报战况，并派使节到噶尔丹营，使噶尔丹向“威灵佛”起誓，承诺不再入侵大陆。在使者面前，他跪在“圣佛”面前叩头，显得非常虔诚。见此情景，使臣安心回去。
康熙皇帝接到噶尔丹求投降的报告后，怕将军被他愚弄，立即派人对将军说：“噶尔丹狡猾，不容忽视”，不料，这一命令还没有下达，噶尔丹已经离开营地逃走了。
噶尔丹丢下行李，带领军队快速奔跑。一路上，他放火烧草原，试图切断清军的粮路。无数士兵死于疾病和饥饿。当他回到家乡时，他数了数剩下的数千名士兵。
为了彻底孤立噶尔丹，次年5月，康熙皇帝亲自到多伦(现蒙古国首都乌兰巴托)召集蒙古王子开会。会前，举行了盛大的阅兵式。
阅兵式一大早，八旗禁旅的盔甲各具特色，长矛锋利，会场线条雄伟。不一会儿，喇叭就响了。康熙皇帝身穿金色盔甲，骑着一匹骏马，缰绳缓慢。他不到40岁。他笔直，眼睛炯炯有神，鼻子略带鹰眼，脸上有稀疏的麻点。乍一看，我们可以知道他是一个坚韧不拔、精力充沛的人。康熙皇帝接受国王、大臣、王子和蒙古王子的崇拜，带领人民检阅蒙古骑兵。一路上，他用流利的蒙古语和蒙古王子交谈。更让人吃惊的是，审查结束后，应蒙古王子的要求，他当众射出十支箭，其中九支射中靶心。顿时，全场一片欢呼声。人们呼吁万岁。后来，康熙皇帝奖励了帮助追捕噶尔丹的蒙古王子，并惩罚了那些秘密通知噶尔丹的人。蒙古诸侯见到康熙皇帝时，不仅马术高超，而且奖惩严格。
根据黄太极编撰的《蒙古人志》，康熙皇帝将北方蒙古人编撰成三十七面旗。由于蒙古各部信奉喇嘛教，他下令在多伦建立会宗寺。为了纪念这一大同盟，他还题写了徽宗祠的碑文，并下令人们在徽宗祠设立。
虽然加尔丹被打败了，但他没有放弃。五年后，他率领三万骑兵入侵巴彦乌兰，掠夺巴彦乌兰。他还威胁要借6万名俄罗斯“鸟枪兵”深入内地。
康熙皇帝收到这个消息，决定第二次参战。他下令东三省的清军为东路，陕甘地区的清军为西路。他亲自率领中路军从独石口进入沙漠。在沙漠中前进。食物和草常常不够。康熙皇帝和官兵们吃干肉，喝马奶。他们日夜奔波了70多天，才听到格尔丹顿住在克鲁伦河的消息。有些大臣怕吃苦，怕累。他们听说敌人还很远，就劝阻他们说：“道路迂回，没有粮食。过了七十多天，我们还没有见到敌人。康熙皇帝听了很生气，斩钉截铁地说：“我已经向天帝庙申报了祭品。现在，如果我们看不到敌人，我们就回去。我们还能对世界人民做些什么?”他立即命令把车开到河边去。到达克鲁伦河后，康熙皇帝命令征兵的王子和将军们先来开会，然后再扎营。他坐在地上，拿出自己制定的作战计划，详细部署了作战战略。后来，他派使者过河到噶尔丹营地，要求他明天作战。
噶尔丹不相信康熙皇帝会亲自来这里。他大声笑着说：“怎么这么容易!”然而，当他登上克卢伦河上的北孟南山时，却看到了河南河畔的黄帐篷龙标，非常有特色，部队集结在一片辽阔的土地上。他吓得忍不住自言自语：“怎么这么容易!怎么会这么容易?”然后他跌跌撞撞地回到营房，一言不发。当晚，他离开营地，带着部队逃往西部。
第二天一早，清军来了一场决战，只见卡丹营空无一人。康熙皇帝立即率领骑兵便衣赶来。一路上，我们可以看到加尔丹部队的废弃财产和牲畜，以及不便搬迁的老人和儿童。清军追击了三天，但没有追上，只好停止追击。康熙皇帝估计噶尔丹很快就会遇到西军，于是派人通知西军阻止敌人。
两天后，西路清军在赵莫多山脚下与加德丹会合，打了一场决战。一开始，西路军由于粮草短缺，大部分马匹死亡，只好下马作战。虽然噶尔丹手下只剩下1万多士兵，但他们都是经验丰富的精英士兵。经过一整天的战斗，清军无法获胜。我们不得不把预备役部队分成两路，一路横冲直撞，一路偷袭敌人的行李。这种方法果然奏效了。加尔丹营地一片混乱。清军连夜追击，击毙敌兵1000余人，俘虏3000余人，缴获大量马、牛、羊、骆驼、窗帘等装备。加丹带着几十个亲信逃走了。康熙皇帝很高兴收到战报。他命令人们在昭磨多山上立一块石碑来记录这件事。
这时，加丹的侄子塞旺·阿拉布坦得到康熙皇帝的支持，占领了准噶尔岗所在地阿尔泰山以西，与加丹作战。加丹想回老家，回不去，只好收留战败的士兵，在阿尔泰山东游荡，打猎捕鱼为生。同时，由于卡丹打仗多年，这让准噶尔人久久不安，人们对他越来越不满，跟随他的人也纷纷离开。最后，只剩下一千人了。康熙皇帝听说这件事，就派人去见他，说：“只要你愿意投降，感谢皇帝，皇帝就会按照对喀尔喀蒙古人的优待规范来对待你。”可是，噶尔丹不肯认输，也不肯劝降。
为了避免将来的麻烦，康熙皇帝在康熙三十六年(公元1697年)进行了第三次个人远征，格尔丹听说后，就把儿子送到哈密借兵。没想到哈密王把儿子绑起来交给了清朝。他的知己要么逃得很远，要么去了清营。无论加丹把帐篷放在哪里，他总是惊慌失措，这使他在夜里换了好几个地方，他甚至睡不着觉。他常常困惑地对身边的人说：“世界上的人真的不一样吗?据说无论皇帝去哪里，沙滩上都会有春天，石头上都会有青草。这是上天的帮助!我所有的下属都向他求助。让我们帮助他!我现在该怎么办?”几天后，当他看到自己被出卖时，他服了毒自杀了。他的部下把他的骨头和女儿钟启海交给了康熙皇帝，跟随他的三百户人家都投降了。
康熙皇帝下令赦免侵略准噶尔内陆的罪行。他任命噶尔丹的儿子为一级保镖，并将他编入张家口市外的察哈尔旗。此外，哈尔卡蒙古族被增立为55旗，并被命令返回阿尔泰山脉以东的故土从事畜牧业。他还下令在琅琊墟山建立一块石碑，记录了安抚噶尔丹的事件。噶尔丹叛乱平息后，蒙古地区安定下来。
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