这其实已经失传了，古代失传的东西一直很多，二郎神为什么会有三只眼，其实上已经无从可知，不过大家都知道功能，天眼，就像上天的眼睛一般，邪恶无法可逃。不过二郎神并不是神话里有天眼的，比如，马王爷也有。
在中国历史上，三只眼其实也有深刻的文化内涵。在道教中，天眼其实是天神之眼;在佛教中，天眼也是五眼之一;文学用语中天眼在古人时有日、月乃天之眼睛之说。它指天神之眼，归属道教。《儿女英雄传》第二四回：玉帝天眼一看，果然便向那人道：“似你这等的功行，便是我这里也无天条可引。”
氐族之神 开天眼习俗
天眼是二郎神的标志，也称天目。在民间，关于二郎神天眼由来的传说非常多，有一种说法是二郎神乃氐族之神。
氐族先民最早生活在我国西北部，一直保持有“剠(黥)额为天”的习俗，即用刀在额上刻上痕迹，然后在伤口涂上墨，使长入肉中，形成永久的痕迹，看上去像一个竖起来的眼睛，即所谓“天眼”——这就是二郎神有三只眼的来历。
东汉以还，氐人由今陇南扩散到川北、西康，这一带不仅二郎神的庙很多，以“二郎”名山者也很多，最著名的便是西康的二郎山。
《邛崃县志》卷三记“蜀中古庙多蓝面神像……头上额中有纵目”，反映了氐人宗教的遗存。唐以后，氐人逐渐融合于汉族和藏族，氐族的三目祖先神即二郎神也随之成了大一统中华民族神仙世界中的成员。
佛教五眼之一 透视四面八方
此外，天眼也是佛教所说五眼之一。又称天趣眼，能透视六道、远近、上下、前后、内外及未来等。
《大智度论》卷五：“於眼，得色界四大造清浄色，是名天眼。天眼所见，自地及下地六道中众生诸物，若近，若远，若麁，若细，诸色无不能照。”南朝徐陵《东阳双林寺傅大士碑》：“大士天眼所照，预覩未来。”唐代王维《夏日过青龙寺谒操禅师》诗：“山河天眼里，世界法身中。”
马王爷三只眼 或是亲戚关系
马王爷即马神，一般俗称马王爷，全名叫“水草马明王”。道教的神明，全称“灵官马元帅”。是中国民间信奉的神仙之一。传说长有三只眼，又称“三眼灵光”、“三眼灵曜”。在中国民间关于马王爷传说很多。据说，马王爷的现实原型是汉武帝时候的大臣、匈奴王子金日磾。
虽然金日磾是两眼，后来成为神后就有了“三只眼”了。那第三只眼还是鲁班的呢。河北有个传说，张果老、后周的柴王爷和赵匡胤，三个分别挑着太阳、月亮和几座大山，走过才造好的赵州桥;当时压得桥摇摇欲倒，鲁班只好自己下去托着，总算抗住了。鲁班痛心自己的技术不够精，就自挖一目，作为惩罚。他的眼睛正好扔到马王爷的前面，就捡起来给自己安上了。
关于是不是与二郎神有无亲戚关系，已经不得而知。但还有就是马王爷也有叫“华光”的，二郎的外甥“沉香”劈山救母，那华光也“劈过山”，人们把华光与沉香两人弄混了。
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