现存三个版本《云笈七签》。
最早的是元代《玄都宝藏》平水本，现存95卷、111至113卷。第95卷原藏于北京图书馆，目前在检索目录中找不到。
第二刻为明正统道教集1445年本122卷，卷113分上下，与元藏一致。
第三版为明代张旋印制，中央刻编号《清真馆云笈七签》，部分卷末有“穆斯林收藏板”字样。古代流传下来的书目大多称为清真版。
张俊芳，字殷芳，越州安陆（今湖北安陆）人。北宋景德道士，北宋景德中进士，历任尚书都支外郎、集贤校理。主要作品有《云笈七签》。
张旋，明代著名目录学家、藏书家、书法家。字孟奇，号九月山人，清真居士，号西园。博罗（今广东惠州）人。
这是哈佛大学图书馆收藏的副本。有几页已损坏。框架高度19.5 x 13 厘米。九纹二十字，一侧四围，白口单鱼尾。盘中央的标题为：清真殿云七签名，印章为石溪殿藏书楼印。
第一卷：道德部
第二卷：混元湖东开启气运司
第三卷：道教的起源
第四卷：道经讲授部
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