大家好，感谢邀请，今天来为大家分享一下高效基因组比对工具：Bowtie2使用教程的问题，以及和的一些困惑，大家要是还不太明白的话，也没有关系，因为接下来将为大家分享，希望可以帮助到大家，解决大家的问题，下面就开始吧！
2. 一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie3.转录组无参比对教程 | Trinity
写在前面
随着我们教程的逐步发布，我们的转录组分析系列教程也逐渐分章节发布。如果需要的话可以直接查看转录组上游分析教程【零基础（完）】。
个人笔记，可能有错误！
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Bowtie2 和Bwa 是短读比较软件。 Bowtie2主要用于比较50-1000bp的reads并生成SAM文件。在做转录组数据分析之前，我会检查RNA-seq数据中的tRNA和其他序列，并且经常使用bowtie2进行过滤。 image.pngBowtie2的使用手册领结2: (https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml#how-is-bowtie-2- different-from-bowtie-1)
一、bowtie2的安装
使用conda安装conda install -y Bowtie2 使用源码安装
网址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/#直接下载并解压
wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.5.1/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64.zip
解压Bowtie2-2.5.1-linux-x86_64.zip
cd Bowtie2-2.5.1-linux-x86_64
## 配置使用的路径
echo "PATH=$PATH:/software/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64" ~/.bashrc参数：$ Bowtie2 -h
Bowtie 2 版本2.4.5，作者：Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea)
使用量：
领结2 [选项]* -x{-1-2| -U| --交错| -b} [-S]
二、bowtie的使用
2.1 创建bowtie2的index索引
Bowtie2-build [选项]*操作：Bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index参数：-threads
正在运行的线程数
--大索引
使用更大的索引。一般当基因组大于4G时，考虑使用大索引。 [图片上传失败.(image-7989a0-1704784953195)]
2.2 Bowtie2的比对
单端：bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U input.fq -S **.sam 2**.bowtie2.log配对端：bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index /Bowtie2-index/番茄-bowtie-index -1 **_1.fq.gz -2 **_2.fq.gz -S **.sam 2**.bowtie2.log 可以使用管道字符| 排序
Bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o -output.bamBowti2 参数设置：
必需参数：-x
由Bowtie-bulid 创建的索引
-1
双端测序中的第一个文件
-2
双端测序中的第二个文件
-U
单端测序
-S
生成Sam文件输入参数（可选参数） -q
输入文件为fastq格式
-qseq
输入文件为QSEQ格式
-f
输入文件为fa 格式。选择此项时，也会选择--ignore-quals
-r
输入文件中，每一行代表每个序列，没有序列名称、测序质量等，其他参数可以用bowtie2 -h查看
比较参数：-N
种子比较时允许的不匹配数可以设置为0或1。默认：0
-L
设置种子的长度
-我
设置两个相邻种子之间的碱基数。
--忽略资格
计算错配惩罚时不考虑碱基质量。当输入序列模式为-f、-r 或-c 时，此设置自动成为默认设置。
--nofw/--norc
--nofw 设置读数不与前导链进行比较，--norc 设置读数与尾随链进行比较。
--端到端
比对是将整个reads与参考序列进行比较。该模式下，--ma的值为0。分数惩罚参数为：--ma
设置匹配分数。在--local 模式下，每个片段上的碱基与参考序列上的碱基相匹配。 --end-to-end模式下无效，默认：2
--mpMX，明尼苏达
设置不匹配惩罚。最大值MX，最小角度值MN。默认：MX=6，MN=2
--np
当匹配位点的read和reference存在不确定的碱基时，设置惩罚值。默认：1
--参考
在参考上设置间隙罚分z 以延长间隙罚分。 defualt:5,3配对结束参数：-I/--minins 设置最小插入片段长度。默认：0
-X/--maxins
设置最大插入长度。默认值：500
--fr/--rf/--ff
--无混合
在默认设置下，一堆reads无法与参考基因序列成对比对，因此每个reads都是单独比对的。输出参数：-t/--time 打印搜索阶段所用的挂钟时间
--unwrite 未对齐的未配对读取` 输出未配对读取至--alwrite 至少对齐一次的未配对读取至` 输出可至少对齐一次的未配对读取至
--un-concwrite 与--al-concwrite 不一致对齐的对至少一次一致对齐的对（Note: 表示--un、--al、--un-conc 或--al-conc，将“-gz”添加到选项名称中，例如
--un-gz，gzip 压缩输出，或添加"-bz2" 到bzip2 压缩输出。）
`Gzip 压缩输出读取`
--quiet 除严重错误外不向stderr 打印任何内容
--met-files 将指标发送到文件at(off)
--met-stderr 将指标发送到stderr（关闭）
--metreport 每秒内部计数器指标(1)
--no-unal 抑制未对齐读取的SAM 记录
--no-head 抑制标题行，即以@ 开头的行
--no-sq 抑制@SQ标题行
--rg-idset 读取组id，反映在@RG行和RG:Z: opt字段中
--rgadd("lab:value") 到SAM 标头的@RG 行。
Note: @RG 行仅在设置--rg-id 时打印。
--omit-sec-seq 在SEQ 和QUAL 字段中放置“*”以进行二次比对。
--sam-no-qname-trunc 禁止在第一个空格处截断readname 的标准行为
以生成非标准SAM 为代价。
--xeq 使用“=”/“X”而不是“M”来指定SAM 记录中的匹配/不匹配。
--soft-clipped-unmapped-tlen 报告TLEN时排除软剪辑碱基如果我们的分享对您有用，希望您可以拨打点赞+收藏+转发。这是对小杜最大的支持。
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用户评论
终于找到了Bowtie2教程！一直在想学习这方面的数据比对方法
有18位网友表示赞同！
我之前用过别的软件，但感觉Bowtie2好像更专业一些耶！
有18位网友表示赞同！
希望这个教程能详细讲解一下Bowtie2的参数设置以及各种选项的使用，我很想深入了解。
有16位网友表示赞同！
数据比对真的是一个比较复杂的过程，需要认真学习才能掌握啊！
有18位网友表示赞同！
期待看到这个教程的案例分析，这样可以更直观地理解BOWTIE2的操作步骤。
有12位网友表示赞同！
我一直想要尝试使用Bowtie2进行研究，现在有了这个教程正好可以动手操作一下。
有6位网友表示赞同！
数据比对在这个领域是超级重要的技能！希望我能通过这个教程学到很多知识！
有10位网友表示赞同！
有没有什么比较通俗易懂的例子来解释Bowtie2的工作原理啊？
有13位网友表示赞同！
学习了Bowtie2之后，我想扩展一下其他序列比对工具的使用。
有15位网友表示赞同！
希望这个教程能涵盖不同类型的序列比对问题，比如RNA序列和DNA序列的比对。
有5位网友表示赞同！
我正在研究基因组测序领域，学习Bowtie2对我来说非常有用！
有14位网友表示赞同！
期待教程中能详细讲解如何评估数据比对的结果准确性！
有13位网友表示赞同！
这个教程看起来很不错啊！感谢分享！
有15位网友表示赞同！
我觉得学习生物信息学的工具很重要，希望这篇文章足够深入！
有17位网友表示赞同！
Bowtie2的使用场景非常广泛，我想了解一下它的应用范围有多广！
有11位网友表示赞同！
如果有任何实践课件或者案例，那肯定更棒了！(๑•̀ㅂ•́)و✧
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这个教程一定能帮助我提升数据分析的能力！
有8位网友表示赞同！
我之前没有学习过Bowtie2，从这个教程开始好好学习一下！
有5位网友表示赞同！
希望这个教程能够清晰地讲解算法步骤和相关原理！
有6位网友表示赞同！